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银行短信通知服务的费用通常会在以下两个地方扣除。
1、从银行卡余额中直接扣除：当银行卡内余额充足时，银行的短信通知服务费用会在银行卡余额中直接扣除，具体的扣费时间取决于银行的服务扣费时间规定，有的银行会在当月月末或特定时间点进行扣费。
2、从绑定的个人银行账户余额中扣除：如果短信通知服务是在个人银行账户中绑定的，那么银行会从该账户余额中扣除相应的费用，在工商银行开通短信提醒服务时，可以选择支付账户余额变动提醒服务费用，此时费用会从绑定的个人银行账户余额中扣除。
具体的扣费方式和扣款时间可能因银行的不同而有所差异，如果需要了解具体的扣费情况，建议直接联系银行的客服人员或查询银行官方信息。